Lämpliga delområden för miljöövervakning från 2012 – 2014 års inventering är Ombo öar, Bymarken, Trånghalla, Breviken, Erstadviken, Rönäs, Alsen, Sandön och Lövsundsfärden. Sedan tidigare utvalda (2011 och 2005) lämpliga delområden för miljöövervakning är Kråksviken, Norrviken, Duvfjärden, Motalaviken, Hammarsundet, Vadstenaviken, Brunnstorp, Stora Röknen och Kungsviken. Detta innebär att det hittills identifierats 18 områden i Vättern som kan anses varar lämpliga för miljöövervakning avseende makrofyter.