- Vättern.org - https://www.vattern.org -

Karismatiska sjöar: Vätterns osynliga liv kartläggs

I slutet på augusti var forskare från Uppsala och Tjeckien på besök på Vättern. Vättern är en av 70 “karismatiska” sjöar i Europa som provtas inom ett projekt för att kartlägga det osynliga livet i en vattendroppe.   

Har ni någonsin undrat vilka osynliga bakterier, arkéer, virus och protozoer som finns i Vättern? Varje droppe vatten innehåller miljontals encelliga organismer som inte kan ses med blotta ögat, och för att kartlägga och beskriva mångfald och funktion hos dessa krävs behöver vi använda oss av nya metoder som utgår från organismernas arvsmassa.

I projektet ”PELAGICS [1]” (Pan-European Lake Sampling – Microbial Eco-genomics) gör en internationell forskargruppering gemensam sak för att göra just denna typ av kartläggning på Europeisk skala. Under ledning av Michaela Salcher och Rohit Ghai från Tjeckien kommer 70 karismatiska sjöar från 16 länder att provtas för såväl renodling av bakterier och protozoer som odlingsoberoende sekvensering av mikroorganismernas samlade arvsmassa, så kallad ”metagenomik”.

Provtagning pågår.

Senast i raden av länder som besökts av provtagningsteamet är Sverige där forskarna samlat in bakterieprov från Mälaren, Erken, Vänern, Vättern och Torne Träsk. Genom att i detalj studera de 20 Tb sekvensdata som ska tas fram under kommande vinterhalvår hoppas forskarna kunna svara på en rad utmanande frågor om vilka organismer som ingår i sötvattnens samlade mikroflora och deras utbredning i Europa, men även mer generella frågor som rör artbildning och lokala evolutionära anpassningar.

För svensk del deltar Professor Stefan Bertilsson och Dr Matthias Hoetzinger (SLU) och Professor Silke Langenheder (Uppsala Universitet) i projektet.